Viajar de Munich a Praga y volver a Alemania

Mi esposa y yo estaremos en Alemania este otoño. Vamos a venir de Munich y nos gustaría ir a Cesky Krumlov, Praga, y Plzen en tren y luego volver a Frankfurt, o Berlín para volar.

¿Qué sería lo más logísticamente logístico?

Gracias por la ayuda.