Volar a Berlín desde Viena o Praga

Estaré visitando Austria en febrero '13. Estoy basado fuera de Viena y añadiendo Berlín y Praga a los destinos. Planeé ir en autobús o tren a Praga. ¿Sería más económico y práctico viajar en autobús a Berlín desde Praga y volar de un solo sentido a Viena, o volar a Berlín desde Viena?