Dudo que puedas visitar todo lo que has enumerado en tu primer día. Es un itinerario muy agresivo, especialmente para el día en que volar.
Si entiendo su pregunta, si reservas un tour de los museos del Vaticano, depende de la empresa de excursión en cuanto a donde te reunirás. No te encontrarás en la basílica, te encontrarás frente a la entrada principal de los museos, cerca de la entrada principal de los museos o dentro de los museos. Si reservas la excursión oficial te encontrarás dentro de los museos.
Sólo tú puedes decidir si quieres hacer un tour. He hecho los tours y he hecho sin ellos. Es realmente una elección personal.
Nada en el paseo marítimo que conozco. No hay grandes vistas desde las excursiones en barco.
La galería Borghese no tiene un paseo en barco. Creo que hay uno en el parque pero con un tiempo tan limitado ¿por qué desperdiciarías algo de eso en algo así?